Der Hovawart als kynologisch anerkannte Rasse ist noch eher jung. Sein Ursprung liegt aber weit in der Vergangenheit: Der Name leitet sich aus dem mittelhochdeutschen Wort "hovawart" oder auch "hofwart" − der Wächter der Habe (hova) und des Hofes − her. Im Schwabenspiegel, einem mittelalterlichen Rechtsbuch das 1274/75 von einem unbekannten Geistlichen in Augsburg verfaßt wurde, wird der "hovewart" schon erwähnt und in seinen Funktionen beschrieben. In der Übersetzung heißt es dort: "Ein Hund heißt hovewart, der jemanden Häuser und Höfe Tag und Nacht hütet..."

Auch historische Darstellungen belegen, daß es hovawartähnliche Hunde seit Jahrhunderten gibt.

Der Hovawart als "Rasse" existiert aber erst seit den 20er Jahren des vorigen Jahrhunderts.

Mit Hilfe alten Zuchtpotentials schuf Karl F. König, ein Rasseforscher und Tierzüchter, den Hovawart, wie wir ihn heute kennen. Die langhaarigen derben Bauernhunde, die König als "Typhunde" bezeichnete, fand er in Dörfern des Harzes und im Schwarzwald. Neben dem Typhund sind noch folgende Rassen für das heutige Bild des Hovawarts bestimmend: Der Neufundländer, der Kuvacz, der Leonberger; der Deutsche Schäfer und eine afrikanische Wild- oder Windhündin, die im 2. Weltkrieg noch eingekreuzt wurde.

1922 wurden Hovawarte planmäßig in einem Zuchtbuch erfaßt. 1959 galt der Hovawart als durchzüchtete Rasse in Deutschland und 1964 wurde der Hovawart durch den Kongreß der FCI in Stockholm schließlich als 7. Gebrauchshunderasse anerkannt.